現在、さまざまなディストリビューションのLinuxがありますが、大きな違いはなく、Linuxを扱えれば、どのディストリビューションであっても、それほど違いは無いでしょう。
ただし、提供ツールなどが違うので、ネットワークの設定等の管理関係をツールで利用している方は、慣れているLinuxを利用することをお勧めします。

経験上私の偏見ではありますが、下記のような使い分けをしています。

1. 企業や、社内外等で複数の人数で管理するLinuxサーバの場合
   Red Hat Enterprize Linuxや、Turbo Linux Server等の商用Linux
   
   商用利用での普及率が高く、新たに新しい事を覚えさせなくて済む
   ツールも豊富で、知識が少なくても、対応可能である事
   また、Red Hatの場合、メーカー製サーバーでのインストール済みの提供もある
   Red HatかTurboLinuxは、好みの問題もあるので、自分以外の管理者がいるなら、その方に合わせて利用します。
   
2. 特殊な使い方や最新技術や最新アーキテクチャーを利用したい場合
   Debian GNU/Linux
   
   商用でないながらも、商用で普及率も高い他、無料である為、個人での普及率も高い。
   また、このディストリビューションの利用者は、コアなユーザーが多く、ネット上で検索をかけるとたいてい、同じ問題に遭遇した事がある人にめぐり合えるのも特徴
   元々カーネルは、どのディストリビューションも同じなので出来る事は、変わらないのですが、ネット上にあるリソースが一番多い点でDebianを使う事が、多いですね。
   デフォルトのインストール時のディスクサイズも小さく、必要な時に必要なものを入れれるというのも気に入っています。

その他にも、利用してみたいディストリビューションは、ありますが、正直上記であげた３つで困らないので、手を出していませんが、機会があったら、KNOPPIX日本語版や、Vine Linuxも使ってみたいディストリビューションですね。

　リンク:ディストリビューションの一覧

　私から言えることは、ひとつにこだわらないで、機会があれば、いろんなディストリビューションに触れてみるといいと思います。
ディストリビューションの違いって提供ツールが違ったりする程度で慣れてしまえば、何でも扱えるようになります。このディストリビューションが、一番だとか言う前に、何でも使いこなせたほうが、カッコイイしね。

ただ、会社や企業だと、社員教育やスキルの問題で多彩なディストリビューションを扱うよりコスト面でも絞り込む必要があるとは思いますが・・・